Hallo Marco,
vom Bahnhof muss die Hauptstrecke unter dem Chemiebereich durchtauchen, und dazwischen ist nur gut 1m Strecke. Mehr als 3cm Höhenunterschied gehen da nicht (3% = 3cm pro 1m Strecke). Höherlegen des Bahnhofs hilft also nicht, das Konzept klappt nur, wenn's vom Bahnhof zum Chemiewerk hoch und zum Hauptbahn-Tunnel runtergeht.
Dasselbe Problem hast Du bei Deinem Versuch. Mit dem äußeren Gleis kommst Du nicht tief genug runter, um unter den Abstellgleisen des Chemiewerks durchzutauchen.
Wenn der ehem. Bahnhof noch zwischen Bahnhof und Chemiewerk ist, bleibt wohl keine freie Strecke mehr übrig. Ich glaub, wenn's meine Anlage wäre, würde ich das Chemiewerk auf dem ganzen Schenkel ausdehnen und das Gleis rechts oben auch dem Chemiewerk zuordnen, wahrscheinlich sogar mit noch einer Weiche ein zweites Gleis parallel dazu. Die Gleisfiguren, die ich jetzt beim Chemiewerk habe, sind recht ähnlich beim Original vorhanden. Das macht's Dir später einfach, wenn's an den Gebäudebau und eine glaubwürdige Ausgestaltung geht. Kann man natürlich alles auch "frei interpretieren", aber ich find's immer hilfreich, die wesentlichen Elemente der Vorbildsituationen genau zu analysieren.
Wendel unter dem Bahnhof müsste gehen (pro Umdrehung ca. 6cm). Du musst dann aber auf der anderen Seite wieder hoch. 6cm Höhenunterschied (also eine Wendelumdrehung) könntest Du zwischen Tunneleinfahrt und Schattenbahnhof unterbringen. Wenn's mehr Abstand sein soll, bräuchtest Du unter dem Chemiebereich auch noch eine zweite Wendel. Wird dann für die "kleine" Anlage schon ziemlich aufwendig und dann ist zwar der Schattenbahnhof besser zugänglich, aber die Wendel unter dem Chemiewerk nicht...
Wenn Du Dich mit dem grundsätzlichen Konzept anfreunden kannst und Du (nach der Lieferung) genug Gleise hast, dann bau doch einfach mal Bahnhof und Chemiewerk so oder so ähnlich auf mit einer beliebigen oberirdischen Gleisverbindung zwischen den beiden Tunnelportalen und spiel ein paar Tage damit. Dann sollte sich relativ schnell herausstellen, ob das tragfähig ist, ob's noch zusätzliche Abstellgleise oder Lieferstellen braucht, ob irgendwas überflüssig ist usw. Wenn Klarheit an der Oberfläche ist, finden sich auch passende Lösungen für den Untergrund.
Schöne Grüße
Matthias